Нет логики свергнув монархию оставить как есть церковь, которая эту монархию продолжала бы поддерживать и всячески агитировала против советской власти.
Этого уже достаточно, чтобы разогнать такую организацию.
Очень показателен, к примеру, призыв интервентов церковным руководством Соловецкого монастыря. Это уже вообще ни в какие ворота не лезет.
Ну и по мелочи агитация словами и действиями.
Церковь до революции являлась одним из крупнейших землевладельцев. С чего бы это вдруг после революции ей надо было оставить все земли, здания, сооружения, производства и прочие богачества? Теперь все государственное и принадлежит народу, так что все правильно.
И конечно то, что церковь до революции вполне себе использовала крестьянский труд, владела крепостными со всеми вытекающими из этого, а после отмены крепостного права на неё продолжали горбатиться крестьяне для выкупа положенного им куска земли.
Так что причины не любить церковь были и у крестьян, и у руководства. И вполне понятные и логичные.